- Oggetto:
Workshop on R software in phylogenetic analyses
- Year
- 1° anno, 2° anno, 3° anno
- Type
- Facoltativo
- Credits/Recognition
- 5
- Delivery
- Tradizionale
- Language
- Inglese
- Attendance
- Obbligatoria
- Type of examination
- Orale
- Oggetto:
Sommario del corso
- Oggetto:
Course objectives
Workshop on R software in phylogenetic analyses
This workshop will consist of an introduction to basic concepts of phylogenetic and comparative methods (especially the ones available for studies of macroevolution), and the tools available in R language for evolutionary analyses.
The workshop will be on
November 28 (9.00 - 13.00) and
November 29 (9.00 - 13.00; 14.00 - 17.00)
at DBIOS, V. Accademia Albertina 13, Torino
Aula 4
Lessons will be in English
Course instructors:
Francesco Santini (visiting fellow, Universita' di Torino)
Laurie Sorenson (University of California Los Angeles)
Registration to the workshop is requested and can be done by sending an email message to the local organizer:
sergio.castellano@unito.it
.
- Oggetto:
Results of learning outcomes
Students will learn how to enter and manipulate data matrices and trees in R, reconstruct ancestral states on a phylogeny, and identify patterns and estimate rates of lineage and character evolution through time.
- Oggetto:
Program
(i) Introduzione a R, installazione di R e pacchetti, aggiornamento
pacchetti, vettori, costruzione di dataframe e matrici, creare dati,
input e output di dati(ii) importare matrici di dati da file nexus, phylip, fasta, csv,
excell, conversione di tipi di file, lavorare con alberi
filogenetici, leggere e scrivere alberi in vari formati (ese. newik,
nexus), manipolazioni grafiche, come creare figure publicabili.(iii) modelli di evoluzione dei caratteri (OUCH, AUTEUR), testare
ipotesi di selezione naturale.(iv) introduzione allo studio della diversificazione, gamma e test
MCCR, lineages through time (ltt) plots, disparity through time
(dtt) plots, medusa; diversitree (bisse, musse) per alberi completi
e incompleti, test di innovazioni chiavi.(v) ricostruzione stati ancestrali (maximum likelihood, modello
mk1).Suggested readings and bibliography
- Enroll
- Closed
- Enrollment opening date
- 01/03/2020 at 00:00
- Enrollment closing date
- 31/12/2022 at 23:55
- Oggetto: