- Oggetto:
Advanced courses
- Oggetto:
Academic year 2010/2011
- Year
- 2° anno 3° anno
- Credits/Recognition
- 4-5
- Oggetto:
Sommario del corso
- Oggetto:
Program
ADVANCED COURSES
1) CONVERGING TECHNOLOGIES TO DECIPHER PLANT-MICROBIAL NETWORKS (4 CFU)
May 5-6 2011
Department of Plant Biology
Info: Paola Bonfante (paola.bonfante@unito.it)
2) GIS COURSE- (4 CFU)
Lecturer: Matteo Negro (negro.matteo@gmail.com)
Department of Animal biology
8 practical sessions:
1 - 2: TUESDAY, FEB 22, h. 14.00-18.00, Aula 4, DBAU
3 - 4 : THURSDAY, FEB 24, h. 14.00-18.00, Aula 4, DBAU
5 - 6: FRIDAY, FEB 25, h. 14.00-18.00, Aula 4, DBAU
7 - 8: MONDAY, FEB 28, h. 14.00-18.00, Aula 4, DBAU
3) MULTIVARIATE STATISTICS COURSE (5 CFU)
Lecturer: Dario Sacco (dario.sacco@unito.it)
Agroselviter Department – Faculty of Agronomy
October 2011 - January 2012
4) DYNAMICS OF ORGANIC MATTER IN SOIL (5 CFU)
22 - 28 May 2011
This course integrates pedology and soil science with soil microbiology and – zoology. Attendants are getting a hands-on experience with selected methods that are useful in many different projects. We invite you to attend this course now taking place for the 7.th time.
Target group: Ph.D. students in natural, environmental and agricultural sciences with projects related to soil processes. Students will typically be engaged in projects in one of the following fields: (i) field studies on nutrients, (ii) process studies on key factors for microbial activity, (iii) taxonomic studies of organisms participating in soil processes, (iv) work on new methods to identify specific groups of organisms in situ. The format of the course with time for discussions and experimental work gives good opportunities for interaction between the invited teachers and the participants and is important for the course. The course gives 7,5 ECTS points of credits.
Accommodation: Kristiansminde field station, SV Sjælland, approx. 80 km from Copenhagen. Schedule: 22 May: arrival, evening excursion to field sites. 23-27 May: Morning lectures, field and laboratory work in the afternoon, evening seminars. 27 May: Report preparation. 28May: Report presentation, evaluation, and departure.
SUGGESTED PROGRAM
The following topics are covered in lectures, seminars or laboratory exercises.
The ecosystem
Ecosystem structure and function; soil solution chemistry; pedology, mull and mor; soil organic matter.
Production and decomposition of organic matter
Plant ecophysiology, (carbon balance of stand and single plant level); decomposition processes; spatial variation in activity in soil.
Nitrogen and carbon cycling, trace gases
N-cycling; CO2 fluxes; CH4 production, CH4 oxidation, and N2O production.
Micro-organisms
Methods to study the functional stucture of microbial communities; molecular biology; a linkage between microbial ecology, general ecology and organismal biology; fungi, functional (enzymatic) diversity; mycorrhiza in organic matter turnover.
Soil fauna
Soil fauna and soil processes; macrofauna (insects, earthworms) affecting environments and decomposition physically; mesofauna (collembola, mites) affecting fungal biomass; microfauna (protozoa, nematodes) influencing bacterial diversity and biomass.
Organizers: (from University of Copenhagen, Faculty of Science) Henrik Breuning-Madsen, Dept. Geography & Geology; Søren Christensen and Sten Struwe, Dept. Biology.
If you are interested in participating in the course please send your name, address, title of your ph.d. project and a few lines describing it, including starting and termination date. Application should be sent by e-mail, fax or ordinary letter before 1 April 2011 to the address below.
You will be notified before the end of April about your attendance (limit 20 students) and you will receive detailed information on how to reach the site. In case of vacancy later enrollment is possible. Participants from Copenhagen University pay 200 euro, other attendants pay 300 euro in total for lodging, food, and course material. Send application to: Søren Christensen, Copenhagen University, Section Terrestrial Ecology, Ø. Farimagsgade 2D, DK-1353 Copenhagen, Denmark. Phone: +45 3532 2156, Fax: +45 3532 2321, Email: schristensen@bio.ku.dk
5) EVOLUTION OF PLANT DEVELOPMENTAL REGULATORY MECHANISMS (5 CFU)
April 30 - May 4, 2011 Roscoff (Brittany), France
Deadline for application: January 25, 2011
Chairperson: Nicholas P. HARBERD
Department of Plant Sciences, University of Oxford, South Parks Road, Oxford OX1 3RB, UK,
Phone: 44 (0)1865 275071 – Fax: 44 (0)1865 275074
Mail : nicholas.harberd@plants.ox.ac.uk
Vice-Chairperson: Patrick ACHARD
Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, CNRS - UPR2357, 12 Rue Général Zimmer,
67084 Strasbourg Cedex, France
Phone: + 33 388417155 – Fax: + 33 388614442
Mail : patrick.achard@ibmp-ulp.u-strasbg.fr
Terrestrial vegetation (the land-plants) evolved from a fresh-water algal ancestor. During the colonization of the land, the land-plants evolved a suite of developmental regulatory mechanisms, many of which conferred increased adaptation to the new terrestrial environment. Accordingly, plants sense and respond to a variety of environmental cues and endogenous signals to ensure optimal growth and development in that new environment. Plant cells integrate these extrinsic and intrinsic signals via a network of transduction pathways, thus producing adaptive response outputs.
This conference examines how plant regulatory mechanisms have evolved during land-plant evolution, from several different standpoints. First, we discuss the evolution of epigenetic regulation of gene activity. Second, we discuss plant ‘evo-devo’ approaches that compare developmental regulation over relatively long evolutionary timescales: from the early diverging bryophytes to the more recent angiosperms. Third, we consider more recent adaptive changes in developmental regulation within the angiosperms. Fourth, we address the vital question of how plant response to the environment has evolved since colonization of the land. Finally, we discuss what crop plant domestication can tell us about the evolution of plant developmental regulatory mechanisms. Overall, the conference will provide a unique multidisciplinary view of current understanding of land-plant evolution, an area of intense current interest within the international biological science research community.
The conference will focus on the following topics:
- Plant Evolutionary Epigenetics: chromatin state, small RNAs and gene silencing
- From Bryophytes to Angiosperms: ‘long-term’ evolution of plant regulatory mechanisms
- 'Short-term’ evolutionary divergence.
- Evolution of environmental adaptation
- Crop domestication and regulatory evolution
Invited speakers (provisional titles):
ACHARD Patrick (Strasbourg, France)
GA-signaling: an evolutionary conserved mechanism for environmental adaptation?
ALLABY Robin (Warwick, United Kingdom)
Archaeogenomic evidence of recent regulatory evolution in domesticated plants
ASHIKARI Moto (Nagoya, Japan)
Molecular analysis of rice natural variation
BAILEY-SERRES Julia (Riverside, USA)
Rice Sub1 determines tolerance to the progression of stresses associated with submergence
BAULCOMBE David (Cambridge, United Kingdom)
Evolution of RNA-directed gene regulation and epigenetics
BELLINI Catherine (Umeå, Sweden)
Rooting or not rooting: dissecting the molecular mechanisms regulating adventitious rooting in Arabidopsis and poplar
BENNETT Malcolm (Nottingham, United Kingom)
Gravitropism: providing land plants with a sense of direction...
BOWMAN John (Melbourne, Australia)
Establishing polarity in land plants
CHALHOUB Boulos (Versailles, France)
Dynamics of Transposons in response to polyploidy and domestication in wheat
COEN Enrico (Norwich, United Kingdom)
From genes to shape
COLOT Vincent (Paris, France)
Impact of DNA methylation on the function and evolution of the Arabidopsis genome
COUPLAND George (Cologne, Germany)
Seasonal flowering in annual and perennial Brassicaceae species
CRESPI Martin (Gif sur Yvette, France)
Impact of non-coding RNAs in root developmental plasticity
DENG Xing-Wang (New Haven, USA)
Light control of development utilises conserved regulatory machinery
HARBERD Nicholas (Oxford, United Kingdom)
Phases in wheat domestication and evolution
HARRISON Jill (Cambridge, United Kingdom)
Exploring the origin of leaves
HAY Angela (Oxford, United Kingdom)
Evolution of petal loss in Cardamine hirsute
LANGDALE Jane (Oxford, United Kingdom)
Developmental transitions in the evolution of land plant form
MENAND Benoît (Marseille, France)
Integration between environmental stress and growth in the moss Physcomitrella patens
NAVARRO Lionel (Strasbourg, France)
Small RNA-directed epigenetic control of the Arabidopsis innate immune response
PARCY François (Grenoble, France)
Prediction and evolution of the LEAFY regulatory network
PELSY Frédérique (Colmar, France)
Evolution of the berry colour locus through domestication and vegetative propagation of grapevine
PRIGGE Mike (San Diego, USA)
Auxin signaling in the moss Physcomitrella: the mechanism and roles
RAMEAU Catherine (Versailles, France)
Evolution of strigolactone functions in land plants
RENSING Stefan (Freiburg, Germany)
The evolution of plant transcriptional regulation: a timeline of loss, gain, expansion and correlation with morphological complexity
RUBERTI Ida (Roma, Italy)
Molecular mechanisms of plant adaptation to canopy shade
TRAAS Jan (Lyon, France)
Morphogenesis: a biophysical view on the evolution of shape
VOINNET Olivier (Strasbourg, France)
Towards a molecular understanding of epigenetic transgenerational memory in Arabidopsis
YASUMURA Yuki (Oxford, United Kingdom)
Submergence response requires ethylene signalling in Physcomitrella patens
ZHU Jian-Kang (Riverside, USA; Thuwal, Saudi Arabia)
Active DNA demethylation and RNA-directed DNA methylation in plants
6) STATISTICS PROCESSING OF BIOINDICATORS DATA (5 CFU)
February 28 – March 4 2011
Lessons seat:
Aula Seminari del Dipartimento di Ecologia dell’Università della Calabria
Centro Italiano Studi di Biologia Ambientale, Via Pietro Bucci, cubo 4b, IV piano, 87036 -
Arcavacata di Rende Cosenza
INTRODUZIONE
Sulla base dei riscontri positivi avuti dai partecipanti all’edizione 2009 del corso, e dei loro suggerimenti per ottimizzarne gli aspetti logistici, CISBA, in collaborazione con il Dipartimento di Ecologia dell’Università della Calabria, propone la presente iniziativa. La prima edizione è stata concepita come un “corso zero” mirante a fornire gli strumenti di base per conseguire un adeguata introduzione alla statistica, uni, bi e multivariata finalizzata all’interpretazione dei dati derivanti da attività di campo destinate al monitoraggio dei comparti ambientali. Il corso attuale intende, da un lato, mantenere la filosofia guida sviluppata nell’edizione del 2009, così da permettere l’accesso ad una platea che, seppur selezionata, possa essere la più ampia possibile, e dall’altro muove verso un approfondimento delle tematiche previamente sviluppate.
CONTENUTI
Nel primo modulo sono individuabili due parti : la prima ha lo scopo di introdurre i partecipanti all'uso di programmi Open Source disponibili anche per il sistema operativo Windows, ed in particolare all'ambiente statistico R. Verranno utilizzate alcune interfacce grafiche (R-GUI) che permettono un uso intuitivo del complesso ambiente R. Sempre nella prima fase verrà analizzata l'analisi della relazione tra due variabili e la corrispondente regressione lineare. A partire da quest'ultima verranno introdotti altri modelli lineari, come ad esempio la Partial Least Square (PLS) e il modello generalizzato (Generalized Linear Model). Nella seconda parte verranno introdotti i concetti sottostanti all'analisi multivariata dei dati, e si forniranno le basi per interpretare il significato dei risultati di classificazione (cluster analysis) e ordinamento dei dati. Lo scopo è quello di suggerire un metodo di lettura dei dendrogrammi e degli assi di ordinamento, per cui non verranno approfondite le diverse tecniche di classificazione e ordinamento. Nel secondo modulo verranno trattati gli aspetti relativi alla pianificazione delle attività di monitoraggio tali da produrre un disegno sperimentale e quindi dei dati di bioindicazione al meglio sfruttabili da idonei test statistici per la messa in evidenza di un impatto a carico di parametri di comunità. Successivamente saranno analizzati degli “esempi svolti” di varie tipologie di Analisi della Varianza applicati a differenti “piani” di monitoraggio le cui attività relative siano finalizzate alla verifica degli effetti di una “generica” categoria di attività antropiche (possibile replicazione degli impatti) o di un “caso specifico” di una categoria generica (assenza di replicazione). Da ultimo verrà illustrata una procedura di selezione di fattori (variabili indipendenti) volta all’ottimizzazione di un’analisi di regressione multipla applicabile a dati di biomonitoraggio o sperimentali. Le attività verranno supportate dall’utilizzo di idonei software statistici ed il loro svolgimento sarà finalizzato alla migliore divulgazione e comprensione delle analisi da svolgere. Approfondimenti sul funzionamento dei programmi saranno forniti nel corso delle lezioni laddove i docenti lo ritengano necessario per rendere più efficace la trasmissione dei contenuti da divulgare.
DESTINATARI DEL CORSO
Dipendenti di Pubbliche Amministrazioni e professionisti operanti nel campo della sorveglianza ambientale e della gestione e pianificazione dei corsi d’acqua. Sono ammessi i laureati nelle classi delle lauree magistrali LM6 LM60 LM69 LM73 LM75, delle lauree specialistiche 68/S 77/S 6/S 82/S 74/S, nonché i laureati in Scienze Naturali, Scienze Forestali, Scienze Biologiche, Scienze Ambientali e Scienze Agrarie del vecchio ordinamento.
PARTECIPAZIONE AL CORSO
Il contributo alle spese di organizzazione è stabilito in Euro 150 per i soci CISBA - Euro 200
per i non associati. La quota di iscrizione comprende il materiale didattico ed eventuali dispense cartacee o su supporto informatico. Le domande di iscrizione, corredate da un breve curriculum professionale, devono essere indirizzate entro il 7 Febbraio a: roberto.lia@enea.it.
Essendo il corso a numero chiuso, l’iscrizione non garantisce la partecipazione..I partecipanti effettivi verranno selezionati in funzione della data di iscrizione e sulla base del curriculum professionale, e riceveranno comunicazione dell’ammissione al corso nonché i/il link necessari a scaricare il software statistico per la partecipazione “attiva” alle lezioni Il numero massimo di partecipanti è di 20. Nel caso di un numero di iscrizioni inferiori a 10, il corso potrebbe essere rinviato o sospeso.
INFORMAZIONI LOGISTICHE
La sede del corso è presso il campus dell’Università della Calabria ad Arcavacata di Rende, per cui sarà possibile utilizzare la mensa dell’UNICAL per i pranzi. Sarà possibile richiedere il rilascio di scontrino alla cassa. Il campus è raggiungibile in auto dallo svincolo autostradale di Cosenza nord, in treno mediante la stazione ferroviaria di Castiglione Casentino ed in aereo dall’aereoporto di Lamezia Terme. Informazioni relative ai collegamenti con la stazione ferroviaria, l’aereoporto e il centro cittadino sono disponibili sul sito: http://blog.libero.it/corsocisba2011 Sullo stesso sito sono disponibili informazioni per il pernottamento presso strutture localizzate nei pressi dell’area universitaria (zona Quattromiglia di Rende).
MATERIALE NECESSARIO
Ai fini dello svolgimento delle lezioni è opportuno che ogni corsista abbia a disposizione un computer portatile sul quale installare i software da utilizzare.
Resposabile Scientifico
Lucio Lucadamo
Università degli Studi della Calabria – Dipartimento di Ecologia
Docenti
Lucio Lucadamo e Roberto Pizzolotto
Università degli Studi della Calabria – Dipartimento di Ecologia
Comitato Organizzatore
Gian Luigi Rossi CISBA Centro Italiano Studi di Biologia Ambientale
Roberto Spaggiari CISBA Centro Italiano Studi di Biologia Ambientale
Luana Gallo, Antonietta Mezzotero, Anna Corapi, Daniele Cundari
Università degli Studi della Calabria – Dipartimento di Ecologia
Segreteria
Roberto Lia ENEA Unità Tecnica Tecnologie Saluggia (VC)
Centro Italiano Studi di Biologia Ambientale
PROGRAMMA ANALITICO DEL CORSO
I MODULO
Parte prima (I giorno)
Kit di sopravvivenza statistica
(come avere il meglio del software a costo zero)
Introduzione all'ambiente R:
- come ottenere ed installare R
- caricare e salvare una tabella in R
- la salvezza: programmi “clickabili” già pronti
Regressione lineare e modelli lineari
Parte seconda (II giorno)
- Variabili ecologiche e dimensioni dello spazio ecologico
- Indici di somiglianza e di distanza
- Classificazione: quante scatole mi servono per mettere tutto a posto?
- Ordinamento: sembra una macchia di unto sul tavolo, e lo chiamate ordine?
II MODULO
Parte prima (III giorno)
Problemi correlati al campionamento in ambito fluviale e disegni sperimentali applicabili al monitoraggio degli ecosistemi lotici
1) Finalità delle attività di monitoraggio
2) Replicazione e pseudoreplicazione : i fattori confondenti
3) La variabilità spaziale del campionamento : modelli replicati e non replicati
4) La variabilità temporale del campionamento : modelli replicati e non replicati
5) Individuazione, con differenti livelli di inferenza, di un rapporto di causa effetto tra un’alterazione di un parametro biologico ed un’ attività antropica
Parte seconda (IV giorno)
Analisi della Varianza (ANOVA) e sue applicazioni al monitoraggio ambientale
1) Elementi di statistica : Analisi della Varianza parametrica (ANOVA) e non parametrica (Kruskall-Wallis). Modelli ortogonali (crossed) ad I e II vie e nested (raggruppati).
Utilizzo dell’analisi della varianza nella valutazione degli effetti di fattori ambientali sulla variazione di parametri di popolazione del macrozoobenthos fluviale (prima parte)
1) ANOVA ad I e II vie con fattori “fissi” e test di confronto multiplo tra medie
2) ANOVA asimmetrica applicata ad un modello “BACI” (Before and After – Control and Impact Data)
Parte terza (V giorno)
Utilizzo dell’analisi della varianza e dell’ analisi di regressione multipla nella valutazione degli effetti di fattori ambientali sulla variazione di parametri di popolazione del macrozoobenthos fluviale (seconda parte)
1) ANOVA asimmetrica applicata ad un modello “ACI” (only After – Control and Impact Data)
2) ANOVA applicata ad un modello di gradiente
3) Analisi di regressione multipla e “best subset regression analysis” finalizzata allo screening delle variabili rilevanti allo sviluppo del modello predittivo.
7) X-RAY DIFFRACTION FROM CRYSTALLINE POWDERS (5 CFU)
PRINCIPLES AND FORENSIC APPLICATIONS
Dr. Marabello Domenica
CrisDi - Centro Interdipartimentale di Ricerca per lo Sviluppo della Cristallografia Diffrattometrica
Lessons timetable:
April 12,13,14,18 2011; 15.00-17.00 Aula diagonale
Lo scopo del seminario è quello di introdurre la tecnica di diffrazione dei raggi X per l’analisi dei materiali cristallini che possono essere raccolti in una scena del crimine. Durante l e lezioni teoriche, oltre ai principi che sono alla base della tecnica di diffrazione dei raggi X, saranno illustrate le metodologie e le diverse strumentazioni utilizzate, valutando criticamente i risultati conseguiti alla luce di casi di investigazione forense risolti con l’aiuto di tale tecnica. Alle lezioni teoriche seguirà un breve laboratorio, che permetterà di applicare le conoscenze acquisite.
Programma delle lezioni:
- Principi della diffrazione dei raggi X di materiali cristallini
- Diffrazione di polveri cristalline: analisi critica dei risultati
- Descrizione della strumentazione utilizzata nell’ambito forense
- Metodi di misura e di analisi di materiali di interesse forense
- Casi risolti con l’uso della diffrazione da polveri
- Cenni sulla tecnica di diffrazione da cristallo singolo: teoria, strumentazioni e applicazioni forensi
8) STATISTICAL PHYSICS OF COMPLEXITY, OPTIMIZATION, AND SYSTEMS BIOLOGY (5 CFU)
February 14, 2011
Martin Weigt and Andrea Pagnani
Via Nizza, seat of the HUGEF
For more information:
http://areeweb.polito.it/ricerca/cmp/bardonecchia2011/
08.30 09.00 Registration
09.00 09.10 Welcome
09.10 10.00 Tandy Warnow (The University of Texas at Austin): Estimating ultra-large
phylogenies and alignments
10.00 10.20 Coffee Break
10.20 11.10 Ernest Fraenkel (MIT): Reconstructing Biological Responses from 'Omic Data
11.10 12.00 Chris Sander (TBA)
12.00 12.40 Olivier Rivoire (Laboratoire Interdisciplinaire de Physique (Grenoble, France):
Protein sectors: co-evolution in and between proteins
9) WORKSHOP IN EVOLUTIONARY BIOLOGY (5 CFU)
18- 25 June 2011, in the Swiss mountain village Guarda
Richard Lenski, Peter and Rosemary Grant, Sebastian Bonhoeffer and Dieter Ebert (organizer).
For more information: http://www.evolution.unibas.ch/teaching/guarda/in-dex.htm
The main aim of the course is to develop the skills to produce an independent re - search project in evolutionary biology.
Suggested readings and bibliography
- Oggetto:
